Dziedziny zainteresowań: biologia obliczeniowa i bioinformatyka ze szczególnym uwzględnieniem algorytmiki, optymalizacji kombinatorycznej i teoretycznych własności drzew i sieci. W szczególności:

• uzgadnianie drzewa genów i gatunków,


• rekonstrukcja drzewa/sieci ze zbioru drzew genów,


• modelowanie scenariuszy ewolucyjnych,


• horyzontalny transfer genów,


• duplikacje genomowe,


• metagenomika,


• metody bootstrappingu,


• i matematyczne własności funkcji porównujących drzewa i sieci,


• problemy ukorzeniania

Fields: computational biology and bioinformatics with the focus on algorithms, combinatorial optimization and theoretical properties of models of trees and networks. In particular the main topics cover:

• tree reconciliation of gene tree and species tree,


• inference of a species tree or a phylogenetic network from gene trees,


• modelling evolutionary scenarios,


• inference of horizontal gene transfers,


• inference of genomic duplications,


• metagenomics,


• bootstrapping methods for trees and networks,


• and mathematical properties of tree/network comparison functions.


• rooting problems

Kierownik grantów NCN:

• #2023/51/B/ST6/02792 Unifying Macro-Evolutionary Models and Phylogenetic Networks (ongoing)


• #2019/33/B/ST6/00737 Biologically Meaningful Inference of Phylogenetic Networks


• #2017/27/B/ST6/02720 Consistent Models and Efficient Algorithms for Genomic Duplications

Project manager of NCN grants:

• #2023/51/B/ST6/02792 Unifying Macro-Evolutionary Models and Phylogenetic Networks (ongoing)


• #2019/33/B/ST6/00737 Biologically Meaningful Inference of Phylogenetic Networks


• #2017/27/B/ST6/02720 Consistent Models and Efficient Algorithms for Genomic Duplications