Jego zainteresowania badawcze koncentrują się na mikrobiologii medycznej, ze szczególnym uwzględnieniem markerów molekularnych chorób zakaźnych oraz optymalizacji algorytmów diagnostycznych w praktyce klinicznej. Główne zainteresowania naukowe dotyczą zakażeń prątkiem gruźlicy i prątkami niegruźliczymi, w tym aspektów epidemiologicznych, klinicznych i terapeutycznych tych zakażeń. Istotnym obszarem jego działalności badawczej są też infekcje grzybicze, a szczególnie problem lekooporności i terapii grzybic inwazyjnych. Aktywnie propaguje rozwój fykologii medycznej, nowej subdyscypliny mikrobiologii zajmującej się rzadkimi czynnikami chorobotwórczymi, w tym przede wszystkim glonami z rodzaju Prototheca. Należy do światowych liderów badań nad tymi mikroorganizmami.

His research interests focus on medical microbiology, with particular emphasis on molecular markers of infectious diseases and the optimization of diagnostic algorithms in clinical practice. His principal scientific interests concern infections caused by TB bacilli and non-TB mycobacteria, including the epidemiological, clinical, and therapeutic aspects of these infections. An important area of his research activity also includes fungal infections, especially the problem of antifungal resistance and the treatment of invasive mycoses. He actively promotes the development of medical phycology, a new subdiscipline of microbiology devoted to rare pathogenic agents, particularly algae of the genus Prototheca. He is among the world’s leading researchers in this field.

• Obserwatorium nadzoru genomowego nad transmisją i migracją gruźlicy w Europie i Ameryce Łacińskiej


• Szczegółowa analiza struktury i składu ściany komórkowej patogennych i saprofitycznych glonów z rodzaju Prototheca – w poszukiwaniu czynników chorobotwórczości glonów Prototheca spp.


• Badanie występowania glonów Prototheca spp. u zwierząt domowych oraz ich środowisku

• Observatory for genomic surveillance of tuberculosis transmission and migration in Europe and Latin America


• A comprehensive analysis of the structure and composition of the cell wall of pathogenic and saprophytic algae of the Prototheca genus – in a search of pathogenicity factors of Prototheca algae


• Study of the occurrence of Prototheca spp. algae in domestic animals and their immediate environment