Modelowanie molekularne oddziaływań białek z ligandami (związkami drobnocząsteczkowymi, peptydami i innymi białkami). Dokowanie ligandów i dynamika molekularna kompleksów białko-ligand w celu badania ich stabilności oraz zmian w czasie. Badanie dynamiki oddziaływań ligand białko tj. wchodzenie/wychodzenie liganda, zmiany konformacyjne, aktywacja białka.
Zajmujemy się głównie białkami błonowymi: receptorami GPCR (G protein-coupled receptors), np. receptory histaminowe, serotoninowe, kanabinoidowe, opioidowe, oraz enzymami błonowymi np. kompleks gamma-sekretazy, który jest błonową proteazą i wykonuje cięcie ponad 170 różnych białek błonowych. Nieprawidłowe działanie tych białek prowadzi do wielu różnych chorób, dlatego zajmujemy się także badaniem oddziaływania leków na te białka.

Molecular modeling of protein interactions with ligands (small-molecules, peptides and proteins). Ligand docking and molecular dynamics of protein-ligand complexes to study their stability and changes in time. Study of dynamics of protein-ligand interactions, i.e. entry/exit of the ligand, conformational changes, protein activation.
We mainly study the membrane proteins: GPCRs (G protein-coupled receptors), e.g. histamine, serotonin, cannabinoid, and opioid receptors, as well as the membrane enzymes, e.g. the gamma-secretase complex, which is a membrane protease that cleaves over 170 different membrane proteins. The improper functioning of these proteins leads to many different diseases, which is why we also study the effects of drugs on these proteins.

NCN OPUS-23, „Ligandy allosteryczne i allosteryczno-ortosteryczne (bitopic) receptora histaminowego H4 jako sposób na zwiększenie selektywności i własności stronniczych potencjalnych leków przeciwzapalnych i przeciwnowotworowych”, 20.01.2023–19.01.2027.
S. Filipek jako koordynator konsorcjum trzech instytucji: Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii, oraz Warszawski Uniwersytet Medyczny i Sieć Badawcza ŁUKASIEWICZ - Instytut Chemii Przemysłowej

NCN OPUS-23, "Allosteric and allosteric-orthosteric (bitopic) ligands of the histamine H4 receptor as a way to increase the selectivity and biased properties of potential anti-inflammatory and anticancer drugs", 20.01.2023–19.01.2027.
S. Filipek as coordinator of a consortium of three institutions: University of Warsaw, Faculty of Chemistry, the Medical University of Warsaw and the ŁUKASIEWICZ Research Network - Institute of Industrial Chemistry.